Le pavillon malouin est bleu, blanc rouge. Les corsaires utilisaient le rouge comme pavillon d’attaque. Les pavillons des ports de guerre, sous Louis XIV, étaient tous à fond uni frappé d’une croix d’argent (le blanc), le fond étant propre à chaque port, en l’occurrence azur pour Saint-Malo. Enfin, une hermine passante cravatée d’or, couleurs propres aux armes de la ville, rappelant notamment son appartenance au duché de Bretagne.

L’actuel drapeau de la ville de Saint-Malo est celui arboré par les bateaux malouins, corsaires, qui faisaient la guerre pour le roi. Ce pavillon de guerre est devenu celui de la ville après la libération de 1944, avec un petite variante, l’hermine a maintenant une écharpe flottante.

Autrefois, les corsaire arboraient le pavillon actuel de la ville et étaient tenus d’envoyer également le pavillon du roi. Par ordonnance spéciale de 1696, les corsaires malouins portaient le pavillon blanc, jusqu’alors exclusivement réservé aux bateaux de guerre royaux. Cette disposition étaient considérée comme un insigne privilège pour la ville. Aucun navire ne pouvait porter à son mât le plus haut un autre pavillon que la pavillon royal, celui des corsaires de la ville s’y trouvait régulièrement. Une similitude d’ailleurs avec le drapeau de la ville qui trône au dessus du drapeau tricolore au niveau de la mairie depuis 1927 .